אם אפל תפרט את התכונות החדשות של iOS 9.3 עבור אנשים פרטיים ועולם החינוך, חברות גם ייהנו מאמצעים חדשים לשליטה באייפון של העובדים שלהן.
המתעסקסטיבן טרוטון-סמית'יש למעשההתגלהבתיעוד שהוצע למפתחי אפל מספר תכונות חדשות בנוגע לניהול צייםאייפון, במיוחד בנוגע לפריסה של אפליקציות ותיקיות והודעות.
פונקציות חדשות אלו יאפשרו אמְנַהֵלכדי לשנות את הצגת האייקונים במסך הבית של iOS, אבל גם כדי למנוע העברה, התקנה או מחיקה של אפליקציות מסוימות, או לבחור אילו התראות מאושרות במרכז ההתראות ובמסך הנעול. השליטה אף תורחב לפורמט של ההודעות השונות(באנר, התראה, אין), לצלילים והתגים המודבקים על סמלי האפליקציה.
לבסוף, מנהלי חברות שעובדיהן מצוידים באייפון מתחתiOS 9.3 (בניהול החברה)יוכל להגדיר הודעה שתוצג אם המכשיר חסום ולשנות את יישומי ברירת המחדל, למשל להגדירגוגל כרוםבדפדפן הראשי.
