למרות שמשוב מוקדם על Apple Pay הוא בעיקר חיובי, סמנכ"ל השירותים והתוכנה של קופרטינו, אדי קיו, הודה במהלךרֵאָיוֹןהוענק לוול סטריט ג'ורנל שנשארהרבה עבודה
יש לבצע כך שפתרון התשלום יהיה בוגר מספיק.

הבעיות הנדירות בהן נתקלים משתמשים נובעות בעיקר מהןתשלומים שבוצעו במסגרת יישומים תואמים. מספר החזרות אכן מדווחות על ניכויים מרובים עבור רכישות מסוימות, אולם אפל תעניק את תשומת הלב הגדולה ביותר לכשלונות בהם נתקלו החלוצים שללְשַׁלֵם
וכל הפגמים שדווחו לרגע היו יהיותוקן תוך כמה שעות מקסימום. נראה שעסקאות בחנויות פיזיות, לעת עתה, פועלות כמצופה.
לאחר קניות באפליקציהאינסטקארט, מולי ווד(אתה ניו יורק טיימס)תחילה קיבל אישור שהזמנתו אומתה ושהזמנת הרכש בוצעה בהצלחה, לפני שקיבלה הודעת שגיאה כעבור כמה רגעים המסבירה כיהעסקה נכשלה עקב בעיית עיצוב. לאחר מכן הבחין האדם שחשבון הבנק שלו היהחויב שלוש פעמים, לפני שצוותי אינסטקארט הבטיחו לה שהבעיה נפתרה מאז ושהיא תילקח רק מגובה הסל שלה, פעם אחת בלבד. אפל גם זיהתה ופתרה את בעיית העיצוב האמורה במהלך היום.
מולי ווד גם מחקה את הפלסטרים של Apple Pay באפליקציהאובר: הזמינו נסיעה, שם היא הצליחה להזמין רכב ללא קושי, לפני שהאפליקציה ביקשה ממנה להיכנס ולהזין כמה נתונים אישיים כמו כתובת המייל ומספר הטלפון שלה. הצעדים המרובים הללו שוב היו גורמים ל-דגימה משולשתבחשבון הבנק שלו.
על פי ממצאים ראשוניים, שיהוקים אלו נגרמים בדיוק על ידימערכת האימותבתוך אפליקציות מסוימות, חובה לגשת לשירותים המבוקשים אך אופציונלי במקרה של עסקה באמצעות Apple Pay. במילים אחרות, אם זה אפשרי מבחינה טכנית לשלם ישירות עם הפתרון של אפל מבלי להיות רשום באפליקציה, זה נותן גישה לסל רק לאחר הזנת המזהים שלך, מה שגורם לעיןשכפול בהזמנת הרכש.
בז'אנר אחר, אוון תומאס אומר את זהאפליקציית Passbook שלו מחליפה באופן שיטתי את שני כרטיסי הבנק שבבעלותו, מציג את התמונה השגויה בכרטיס הלא נכון בכל פעם. במקרה זה, האדם הנוגע בדבר כבר הוסיף כרטיס בנק דרך iTunes והחדש פשוט נסרק מאפליקציית Passbook, כפי שאפל ממליצה.
יש לציין שרוב הבעיות בהן נתקלו המשתמשים הראשונים עד כה הן בעיקר באחריות מפתחי האפליקציות והארגונים הבנקאיים, אולםלקוחות מצפים מאפל לספק להם פתרון פונקציונלי לחלוטין. כדי שאימוץ Apple Pay יוכל להתבצע בחסות הטובה ביותר, אפל חייבת כעת לשאוף לעקוב מקרוב אחר תקלות אפשריות, מי אשם, ולמצוא במהירות פתרונות כדי להבטיח שלקוחותיה ישימו את פרטי הבנק שלהם ללא חשש רב.(והביטחון שלהם)בידיים שלו. בשביל זה, וכפי שאדי קיו אומר כל כך טוב,חיוני שאנשים רבים יעבדו יחד. יש הרבה עבודה לעשות [...] אבל זה אמור להיות נהדר
.